菌群失调在患者疾病状态解除后，或者停止使用抗生素后，恢复正常的生活习惯、饮食结构一段时间后，即可恢复正常。
正常人肠道内含有大量的细菌，肠道细菌在进化过程中形成平衡的生态系统，称肠道菌群，常见的肠道菌群组成成员包括拟杆菌、双歧杆菌、乳杆菌、肠链球菌，及大肠杆菌等。正常的肠道菌群具有重要的屏障作用，可预防外来细菌的侵入，从而减少肠道感染的发生，同时肠道菌群对人体还具有非常重要的免疫作用。此外，肠道菌群对人体的营养及生长、发育也具有十分重要的作用。由于长期大剂量使用广谱抗生素类药物，或某些疾病导致肠菌发生失调时，患者可出现腹泻、腹胀等相关症状。发生菌群失调时，如排除上述造成菌群失调的诱因后，经过一段时间菌群可恢复正常，恢复正常的时间因每位患者的情况而不尽相同，在疾病状态解除后或者停止使用抗生素后，患者恢复正常的生活习惯、饮食结构一段时间后，菌群即可恢复正常。
患者平时要避免长期使用抗菌药物，注意饮食卫生，可以加强体育锻炼，增强身体的免疫能力，如果症状严重，建议即使前往医院就诊，给予相应的治疗。