长期晨起咳嗽的原因主要有两个疾病，一个是慢性阻塞性肺疾病，另一个是咳嗽变异性哮喘。慢性阻塞性肺疾病是一种以持续气流受限为特征和持续呼吸道症状的气道慢性炎症，其发生与有害气体与有害颗粒的异常炎症反应有关，通常吸烟是很重要引起慢阻肺的危险因素。慢性阻塞性肺疾病患者中有一部分是支气管炎型，是以咳嗽、咳痰为主要表现，这类患者通常会在晨起咳嗽、咳痰严重，痰液通常是在晨起咳出，所以突出的表现是晨起的咳嗽、咳痰，慢性阻塞性肺疾病患者的晨起咳嗽是伴有咳痰的咳嗽。
咳嗽变异性哮喘是哮喘的一个特殊类型，是以咳嗽为主要表现或唯一表现的哮喘。因为是哮喘，所以患者是以嗜酸粒细胞浸润为主伴有淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞浸润的气道炎症，是一种过敏性的气道炎症。其咳嗽主要也是会夜间还有晨起出现，而且咳嗽的特点是阵发性，患者干咳没有痰。