多囊卵巢综合征的病因目前尚不清楚，涉及的病理机制也是非常的复杂，一般认为与下丘脑、垂体、卵巢轴的功能失常、肾上腺功能紊乱、遗传、代谢等因素有关。遗传性因素是一种常染色体的显性遗传，多数患者染色体核型是46XX，部分患者呈染色体畸变或者嵌合型，会出现46XX/45XO、46XX/46XXq等，还有一种就是肾上腺的出现假说，多囊卵巢综合征起源于青春期前的肾上腺疾病，就是当受到强烈的刺激，网状带分泌过多的雄激素，并在性腺外转化为雌酮，反馈性的引起下丘脑、垂体、卵巢轴的释放节律紊乱，继发了卵巢雄性激素的生成增多，就是肾上腺和卵巢共同分泌较多的雌性激素，引起高雄激素血症，高雄激素血症在卵巢内引起的被膜纤维化增厚，抑制卵泡的发育，造成了卵巢的囊性增大和慢性的无排卵。