做胃镜比较痛苦，其实做肠镜比做胃镜要痛苦很多。肠镜的做法就是拿镜子从肛门进入，到达直肠，再到乙状结肠，然后到降结肠、横结肠、升结肠，再到回盲部，最后到回肠末端。大肠在腹腔里面都是弯曲的，做肠镜的过程中，镜子肯定是要在肠道里转弯，肯定是相当难受，一般腹痛、腹胀都是很明显的，有些病人就难以忍受。
做肠镜所用的时间不等，因为每个人的肠道是不一样的，比较好做的几分钟就可以结束，难做的需要很长时间。当然，每个病人的耐受力不同，表现反应也是有差别的，有些病人表现倒也可以。建议如果做肠镜，最好是做无痛的，但是无痛的肠镜价格相对来说要高出很多。