腱鞘囊肿是否会自行消失，主要取决于是否经过正规的保守治疗措施，或者根据腱鞘囊肿的体积大小而定。其中对于较小的腱鞘囊肿，一般经过正规的保守治疗措施，如限制腱鞘囊肿处的关节活动，给予局部的热敷理疗，或者给予局部的手法按压，以促使腱鞘囊肿消失，或者对症口服一些消炎止疼药物，如醋氯芬酸、双氯芬酸或塞来昔布等，这些保守措施都可以促进腱鞘囊肿的自行消失。而对于体积较大的腱鞘囊肿，或者发现了腱鞘囊肿仍然不减少腱鞘囊肿处的活动量，这样会促使腱鞘囊肿越来越大，而不会自行消失，到最后可能需要手术治疗进行腱鞘囊肿的切除。