新生儿甲状腺功能减低在早期往往不典型，可以表现为出生时身长正常，但是体重往往比较重，大部分的新生儿存在骨成熟障碍的早期体征，如前后囟比较大、颅缝比较宽，有时候还会表现为嗜睡、活动少、动作慢、反应迟钝、少哭、声音嘶哑、喂养困难、吸吮缓慢无力、进食过程中吃吃停停、肌张力比较低下、腹部膨隆，可以看到脐疝、肠蠕动慢，生理性黄疸往往消退比较晚，甚至会延续成为病理性黄疸，还有胎粪排出延迟、大便次数比较少。
有时候可能还出现低体温、四肢冰凉苍白，皮肤甚至有花纹，呼吸道有时会出现黏液性黏膜水肿，可导致鼻塞、呼吸困难、口唇发绀等等。总之，新生儿甲减的症状比较多，要早期密切观察，早期发现，早期诊断和治疗能够达到良好的效果。