咽拭子其实就是一个消过毒的长棉签，表面无任何细菌存在。而咽拭子的主要作用，是从咽部和扁桃体取分泌物做细菌培养和药敏实验。因为正常情况下，咽部存在多种菌群，主要是由于呼吸和食物都需要通过口腔，内部会存有一部分的细菌。
当发生感染性疾病时，最好能够咽拭子送细菌培养和药敏试验，能够检测出致病细菌的类型，根据检查结果选择最敏感类的药物，同时也能够区分是细菌感染还是厌氧菌感染、真菌感染。如果咽拭子中无明显的致病细菌，可能是病毒感染导致，不需要使用抗菌素，注意保持口腔卫生。