出现植物神经紊乱非常痛苦、难受时，应当尽快到医院就诊，由医生给予专业药物治疗，主要指抗焦虑、抗抑郁治疗，可以给予苯二氮䓬类药物，例如安定、舒乐安定、劳拉西泮等迅速改善症状。此外，可在医生医嘱下服用抗焦虑、抗抑郁药物治疗，如5-羟色胺再摄取抑制剂，都可以很好缓解植物神经功能紊乱引发症状。
对于严重植物神经功能紊乱患者，不要过于担心，治疗耗时有可能会比较长，要根据患者严重程度，决定具体治疗方案。患者应当长期配合治疗，后期定期复查，并且在日常生活中要放松心情，避免过大压力，以及避免激动和精神刺激引起症状加重。