包皮龟头炎一般是由于细菌或者是真菌，也就是霉菌或者是念珠菌这几种微生物引起的，大多数的包皮龟头炎，可以通过外用药物的方式来治疗，而有些包皮龟头炎可能外用药物效果比较差，这个时候就需要口服药物，可以口服头孢类的药物或者是青霉素类的药物治疗。
如果是真菌、念珠菌这一类的感染的时候，则需要口服抗真菌的药物，抗真菌的药物常用的有氟康唑或者是伊曲康唑等这一类的药物，有些患者可能是比较特殊的细菌，如滴虫性的包皮龟头炎，则需要服用甲硝唑这一类的药物来治疗。