子宫囊肿大多指的是子宫颈管内宫颈腺囊肿，子宫颈的宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈生理性改变，子宫颈转换区内鳞状上皮取代柱状上皮的过程当中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或深入腺管，将腺管口堵塞导致腺体分泌物引流受阻、潴留而形成囊肿。子宫颈局部损伤或者子宫颈慢性炎症，使腺管口狭窄，也可以导致子宫颈腺囊肿形成。
子宫颈腺囊肿在子宫颈管内，也就是深部的子宫颈腺囊肿，子宫颈表面看不到异常，表现为子宫颈肥大，只有在做妇科B超的时候，才会看到子宫颈管内的囊肿。浅部的子宫颈囊肿检查见子宫颈表面突出单个或多个青白色小囊泡，容易诊断，子宫肌腺囊肿通常不需要处理，只需要每年定期进行宫颈防癌筛查。