结石的成因非常复杂，结石是由基质和晶体构成，其中主要为晶体，由于结石的主要成分为晶体，通常按照晶体成分将肾结石分为了含钙结石、感染结石、尿酸结石和胱氨酸结石四大类，因此结石的成分不一样，发病的原因也不一样，而这些不同成分的结石物理性质，影像学表现也不太一样。
结石可以由一种成分组成，也可以由几种成分组成，正因为结石的复杂性，所以结石形成的原因也非常复杂，包括四个层面的因素，即外界因素、个体因素、泌尿系统因素以及尿液的成石因素。外界环境包括自然环境和社会环境，流行病学中提到的气候和地理位置就属于自然环境，而社会经济水平和饮食文化属于社会环境，个体因素包括种族和遗传因素、饮食习惯、代谢性疾病和药物等，泌尿系统因素包括肾损伤、泌尿系统梗阻、感染、异物等。上述因素最终导致尿液中各种成分过饱和、抑制因素降低、滞留因素和促进因素的增加等机制，导致了结石的形成。