疼痛是子宫内膜异位症的主要症状，典型的症状为继发性痛经，并且进行性加重。疼痛多位于下腹部、腰骶部以及盆腔中部，有的时候可能会放射到会阴部、肛门以及大腿部，常常在月经来潮时出现，并且持续至整个月经期。疼痛的严重程度与病灶大小不一定成正比，比如粘连严重的卵巢异位囊肿患者，可能并无疼痛的感觉，盆腔内小的散在病灶可能会引起难以忍受的疼痛。少数患者还可以表现为持续性的下腹痛、经期加剧，还有27%-40%的患者可能没有痛经感觉。