窦性心律不齐，一般情况下，并没有明显危害。窦性心律不齐常发生于生理性状态下，所以一般的处理是改善生活方式，避免劳累、熬夜等情况，而对于病理情况下的窦性心律不齐，常发生于器质性心脏病基础之上。窦性心律不齐可能会加重心脏负担，但以治疗原发病为主。
对于病理性的窦性心律不齐，在治疗原发病基础上，可以使用β受体阻滞剂，如酒石酸美托洛尔片、富马酸比索洛尔片等对症处理，也可使用中成药物，如稳心颗粒、参松养心胶囊等。可以给予营养心肌的相关药物应用，如盐酸曲美他嗪片、辅酶Q10胶囊等。