治疗灰指甲的药物有很多种，有外用药物，也有口服药物。对于灰指甲症状不是太明显的患者，可以适当使用萘替芬酮康唑乳膏外涂，特别是对于游离缘的灰指甲。如果灰指甲比较明显或者感染程度较深，可以外涂阿莫罗芬搽剂或者是阿莫罗芬乳膏等，这都是可以的。
有的灰指甲比较顽固甚至伤及甲根，需要口服一些药物，这些口服药物大多对肝、肾有一定的损伤，所以在口服药物之前需要检查肝肾功能，如果没有问题，可以服用。这些药物有伊曲康唑、特比萘芬、酮康唑，还有灰黄霉素等。