病毒引起的发烧和细菌引起的发烧，从病人的自我感觉上，就是从症状上，常常没有办法区分。医生往往不能光靠询问病情和检查身体区分，还需要借助一定的仪器检查帮助诊断。
比如一个身体健康的16岁孩子，因为喉咙疼，发烧1天，去看医生，医生检查后发现孩子体温39.1°C，咽部充血发红、扁桃体不大。最常见的原因是细菌或者病毒感染咽部引起的发烧，到底是细菌性炎症引起的发烧，还是病毒性炎症引起的发烧，单从上面这些表现不好判定。
医生会建议病人查血常规加C-反应蛋白帮助判断。如果查出血白细胞数、中性粒细胞比例、C-反应蛋白都明显升高，这些都支持孩子的发烧是由细菌感染造成的，否则考虑是病毒感染引起的发烧。