疱疹性咽峡炎的治疗，首先要对症治疗，可以用淡盐水漱口来清洁口腔，平时注意口腔卫生，保持口腔清洁。还可以用冰硼散等喷于咽部，以减轻咽痛症状，口服维生素C。
若出现发热时，对于轻、中度发热，可以采取物理降温；若体温升高至38.5℃以上时，可以口服布洛芬退热；若出现高热、惊厥，还可以用镇静剂。抗病毒治疗，可以选用利巴韦林等。
抗生素对病毒性咽峡炎无效，但如果考虑合并有细菌感染，可以酌情使用抗生素。平时要注意口腔卫生，早晚刷牙，戴口罩保护自己；多饮水，多休息，避免熬夜，保持愉悦心情，少吃辛辣、刺激食物，禁止抽烟、喝酒；多吃蔬菜，补充维生素。