一般来说，如果患者是病毒性肠炎，不需要病原治疗，可以自行愈合。临床上的细菌性肠炎，最好是根据细菌药敏试验的结果，选择使用抗菌药物。患细菌性痢疾时，因痢疾杆菌对常规的抗菌药物广泛耐药，可以选用复方新诺明、吡哌酸、庆大霉素、丁胺卡那霉素等。空肠弯曲菌肠炎，可以选用庆大霉素、红霉素、氯霉素等治疗。小肠结肠炎耶尔森菌肠炎，一般应用庆大霉素、卡那霉素、四环素、氯霉素。沙门菌肠炎轻型的病人，可不用抗菌药，重型的病人可以用氯霉素。侵袭性大肠杆菌肠炎，用新霉素、粘菌素和庆大霉素，可以获得良好的疗效。