放射性碘治疗甲亢，最主要的是造成甲状腺功能减退。碘-131治疗通过人体甲状腺组织对碘的高度摄取功能，同位素碘经过口服以后，绝大部分进入甲状腺组织，在局部放出β射线。通过β射线对甲状腺产生生理效应，破坏甲状腺达到治疗甲亢的目的。放射性碘治疗，最主要的是造成甲状腺功能减退，需要进行甲状腺激素的替代治疗。
放射性碘治疗，有研究在国外发现儿童如果使用碘-131治疗和药物或手术以后，观察后代没有发现先天畸形的发生率明显增加，也不会造成甲状腺癌的发生率增加。我们国家的研究人员也发现使用碘-131治疗的儿童青少年，没有影响生育的能力，同时也没有发生遗传的损害。由于碘-131摄取到人体以后，基本上被甲状腺吸收，其他的组织分布的量极微小，不会造成其他器官的损害。
但是放射性碘治疗甲亢要进行充分的准备，因为碘治疗以后有可能造成急性的放射性甲状腺炎。大量的甲状腺激素会释放入血，要积极的准备之前，要进行相应的药物控制，防止出现甲亢危象。同时，如果是严重侵润性的突眼，尽量避免由于放射性碘治疗带来的突眼加重。