小便有异味最常见于泌尿系感染，当病人发生泌尿系感染时，由于炎性物质刺激膀胱颈部，会引起尿频、尿急症状。
由于每次不能将尿液完全排空，会出现残余尿，残余尿中大量致病微生物繁殖，如粪肠球菌、屎肠球菌、大肠埃希氏杆菌大量繁殖时，会出现尿有异味现象。
小便有异味儿还见于革兰氏阴性双球菌感染引起的尿道炎和膀胱炎，病人发生革兰氏阴性双球菌感染时，会出现脓性分泌物，会出现尿道口恶臭气味。
当病人出现小便有异味时，需及时到泌尿外科就医，通过尿液检查常常能找到致病微生物。