一般如果按照正常的操作和适应症，微创碎石对肾脏的损害不大。泌尿系结石是泌尿外科常见病、多发病，主要包括肾结石、输尿管结石、膀胱结石和尿道结石。现在结石的治疗绝大部分是微创治疗，主要包括体外震波碎石即体外碎石、经尿道输尿管硬镜或输尿管软镜碎石、经皮肾镜碎石取石等。
如果操作不当或有其他原因所限，有可能对肾脏有损伤，比如体外碎石能量过大或者次数过多，或间隔碎石时间过短，比如小于7天，可能对肾功能有损害。比如经皮肾镜有可能造成肾出血，严重情况下有可能丢失肾脏。