肛瘘手术多久愈合和手术创伤的大小，以及手术方式直接相关，大约需要1-6周，具体如下：
1、低位单纯性的肛瘘：由于手术创伤比较小、切口偏浅，所以愈合时间相对偏短，一般在3-4周切口就可以完全愈合。
2、高位肛瘘：术中有可能需要行挂线术，而挂线的脱落时间一般在术后一周左右，所以其愈合时间就会偏长，需要4-6周的时间才能完全愈合。
3、严重的高位复杂性肛瘘：由于手术创伤更大，而且切口偏深，其愈合时间可能会更久，甚至会超过6周以上的时间。