隐球菌感染中枢神经系统初期的症状，患者通常表现为间歇性的头痛、恶心以及呕吐的症状，可能会伴有低热、周身不舒适、精神萎糜不振等非特异性的症状。
随着病情的进展，患者头痛的程度逐步的加重，会转为持续性头痛，同时会有精神方面的异常、躁动不安，严重的会导致患者出现不同程度的意识障碍，大约有半数的患者会伴有脑神经受损的症状。
临床上最常见的是以视神经受损最为严重，患者会表现为视物模糊、视野缺损，一部分患者还会出现肢体偏瘫、抽搐等局灶性神经功能缺损的症状。