1、先天性发育异常者：多见于男性患儿，多合并高位肛门闭锁。
2、肛门成形术后患儿：多是由于肛门闭锁治疗时术式选择不当残留直肠尿道瘘。
3、手术及其他操作损伤尿道者：采用烧灼治疗直肠出血，或活检评价直肠异常现象，都可能会引起医源性的直肠尿道瘘；根治性前列腺切除术直肠损伤时，使手术从清洁切口变成污染切口，增加败血症风险，如切口感染、盆腔脓肿、腹膜炎、直肠尿道瘘及死亡。