由于反流性食管炎主要的原因是胃内容物和十二指肠内容物的反流导致的食管黏膜的炎症，由于胃内容物的反流最常见，其中导致食管炎的原因是胃酸的反流，所以治疗食管炎首先是要抑制胃酸的治疗，抑制胃酸的药物能够迅速缓解反流性食管炎患者的症状。目前所选用的一般是质子泵抑制剂，抑酸作用非常强，能够迅速缓解症状，促进食管炎的愈合。一般常用的有像奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等药物。需要注意的是反流性食管炎用药，用质子泵抑制剂的药物的剂量，通常是治疗消化性溃疡治疗的剂量的2倍，疗程通常至少要在8周，8-12周，一般疗程可以使大多数反流性食管炎的黏膜损伤愈合。其次是使用促动力药物，但是单独使用促动力药物治疗反流性食管炎的效果差，多数是在配合抑制胃酸药物的基础上进行使用。其他还有黏膜保护的药物和抑酸药，通常是含有铝、镁、铋剂等碱性盐类或其复合制剂，用于缓解症状。其中铝碳酸镁不但有中和胃酸的作用，还具有吸附胆汁的作用，对于除了酸反流导致的反流性食管炎，对于十二指肠内容物，其中含有胆汁这种十二指肠内容物的反流对食管黏膜的损伤也有保护的作用，可以保护食管黏膜，有利于食管炎的愈合。