抗甲状腺过氧化物酶抗体是甲状腺组织的自身抗体，这是一个坏抗体，能使甲状腺组织细胞损伤，使甲状腺激素合成和分泌不足，导致患者终生甲状腺功能减退。抗甲状腺过氧化物酶抗体对于诊断甲状腺自身免疫性疾病特异性高，可靠性强，灵敏度好，是首选的检测指标。
抗甲状腺过氧化物酶抗体临床可应用于诊断慢性自身免疫性甲状腺炎、自身免疫性甲亢、毒性弥漫性甲状腺肿，以及监测免疫治疗效果，检测家族甲状腺疾病的发病可能，预测孕妇产后甲状腺功能障碍发生的可能。另外，有些自身免疫性结缔组织病，如类风湿性疾病、系统性红斑狼疮，可见抗甲状腺过氧化物酶抗体升高。