对于肛门疾病的诊断，电子肛门镜是常用的检查手段。电子肛门镜由于进镜的深度相应较短，患者一般不会有过多的痛苦。进行肛门镜检查以前，患者应照例进行适当的清肠操作，比如口服泻药等。在操作之前，医生会对患者的肛门外周进行麻醉药物的涂抹来减轻对肛门的刺激，通过适当的扩肛，使得肛门肌肉松弛。
肛门镜检查，患者一般不会产生过多的不适感。通过肛门镜可以观察到肛周的整体表现，如果发现肿物还可以进行取材病理，进行病理检查。因此对于肛门镜检查，患者不需过度紧张，一般都是可以完全耐受这个检查操作的。