过去通常认为咖啡对心脏健康有害，如咖啡会升高血压及胆固醇水平，并增加心脏病的发作和心律失常的风险。然而最近国外的研究表明，咖啡可能不会增加心脏的风险，在某些情况下甚至可能会使心脏获益。首先，咖啡和血压在既往啡咖啡饮用者中，如果近期突然摄入咖啡因，可使血压升高10mmHg以上，然而在经常喝咖啡的人中，摄入咖啡因似乎不会使血压产生较大的波动。一些大型研究也未能证实，长期饮用咖啡与高血压之间的相关性。
有些人在喝咖啡时，确实心悸的症状会增加，然而无论是大规模的人口研究，还是实验室研究，都没有证明适量咖啡会增加心律失常的风险。还有研究表明，每天喝四杯咖啡的人，短暂性室速、房颤及室性早搏等心律失常明显减少。咖啡与胆固醇，咖啡中含有一种名为咖啡醇的物质，研究发现，咖啡醇可以增加血液中低密度脂蛋白胆固醇的水平，然而纸质过滤器可以除去这些酯质活性物质，所以用纸质过滤器酿造咖啡不会增加血液中该类胆固醇的含量。
也有研究表明，长期摄入未经过滤的咖啡，可使低密度脂蛋白胆固醇水平增加15mg/dL。有人提出，女性喝咖啡可能起到心血管保护作用，但是事实上证明，有一些常染色体基因突变会造成咖啡因代谢延迟，在这些人中随着咖啡的长期摄入，冠状动脉疾病的风险是增加的。咖啡与心力衰竭有研究表明，每天喝1-4杯咖啡患心力衰竭的风险降低，但是当每天消耗五杯或更多杯咖啡时，饮用咖啡的好处就会明显消失。适量饮用咖啡对心脏健康无害，甚至是有益的。