呼吸的时候出现肩膀疼痛还需要考虑常见的呼吸系统疾病，比如急性支气管炎、慢性支气管炎急性发作、肺炎、肺脓肿、支气管胸膜瘘等。由于机体的抵抗力下降，受到病毒、细菌、支原体、衣原体、立克次体、结核分枝杆菌甚至真菌等这些病原体的入侵，使呼吸道内的黏膜出现了充血、水肿、大量的炎性物质渗出，有大量的炎性因子生成，这时候会刺激到咽喉、气管、支气管、肺组织黏膜的神经末梢引起相应部位的疼痛。尤其是在做呼吸运动时会累及肩膀部位的神经，引起牵扯痛。