出现打乙脑疫苗之后发烧39度的情况，是不太常见的，虽然有一部分患者在打疫苗之后会出现发烧的情况，但是很少温度会这么高，往往温度都是在38度以下。这个时候如果出现高烧的情况，很有可能是感染了乙脑病毒，虽然疫苗是灭活的病毒，但是在一些特殊的情况下，或者身体的抵抗力特别弱的情况下，也容易发生这些病毒的感染，会导致发高烧的情况，需要立刻住院进行相关的治疗。针对于发烧的情况，需要使用退热的药物，比如可以口服布洛芬混悬液或者对乙酰氨基酚混悬液。此外，需要检查一下血常规、C反应蛋白以及脑电图，观察一下脑功能有没有发生明显的异常。还需要使用抗病毒的药物进行治疗，比如利巴韦林。