治疗乙型肝炎，用干扰素好还是用核苷类抗病毒的口服药好，得具体情况具体分析。应用干扰素抗病毒治疗，最大的优点就是可以实现停药，针对部分的乙型肝炎表面抗原阳性，但是乙型肝炎表面抗原的定量比较低的人群，有可能实现乙型肝炎表面抗原转阴，而实现乙型肝炎病毒的转阴，最终达到停药的标准，这个概率已经可以达到31%以上。
但是干扰素也存在一些缺点，首先因为副反应比较大，所以影响了依从性，另外，对于肝硬化和肝脏损伤比较重的病人，不能应用干扰素。干扰素还可以诱发自身免疫相关的疾病，比如甲状腺炎、自身免疫性肝炎等，有怀孕计划的患者也不能应用干扰素，否则需要在停用干扰素半年之后才可以怀孕。对于核苷类口服的抗病毒药，优点是副作用小，缺点是需要长期用药。