先天性巨结肠的治疗方法有以下几种：1、保守治疗，主要适用于痉挛肠段比较短，便秘症状比较轻的患者。主要采用综合性非手术疗法，具体的方法包括定时用等渗盐水灌肠、扩肛，使用甘油栓、缓泻药，从而避免粪便在结肠内淤积。如果这样的方法治疗无效，虽然是比较短的巨结肠，也应该选择手术治疗。2、结肠造瘘，主要适用于保守治疗失败或者病情比较严重，不具备接受根治手术条件的患儿，可以采用结肠造瘘术。3、根治手术，主要的手术方式包括Swenson手术、Sovae手术、Duhamel手术。