细菌性阴道炎由于阴道内正常菌群失调，能产生过氧化氢的乳酸杆菌减少或消失，使阴道内PH值升高，致大量细菌繁殖，包括加德纳菌和厌氧菌。厌氧菌数量的比健康女性高100-1000倍。所以，针对细菌性阴道炎主要采取抗厌氧菌，来进行对症治疗。
可以考虑以下几方面的治疗：甲硝唑400mg，每日2次，共7日；甲硝唑阴道栓200mg，每日1次，共5-7日；可以选用恢复阴道正常菌群的制剂，如乳酸杆菌栓剂或者胶囊，可以提高阴道内酸度，抑制加德纳菌以及厌氧菌的生长。
性伴侣无需常规的治疗，因性伴侣经治疗不能改善治疗的效果，或者是降低复发率，如果性伴侣有症状的情况下，应根据症状进行对症治疗。