霉菌性阴道炎在临床上的治疗相对比较麻烦，因为霉菌性阴道炎有易复发性。在治疗的时候，首先用5%的碳酸氢钠，将阴道内的分泌物冲洗干净，然后阴道塞制霉菌素栓，并且连续用药7-10天的时间。停药以后3-7天去医院检查白带常规，如果霉菌已经转为阴性，可以停药。
并且连续3次化验都是阴性，临床才算治愈。如果是复发性的霉菌性阴道炎，建议性伴侣同时要给予治疗，并且需要口服氟康唑，连续服药2天，然后再进行复查白带常规。如果仍然没有好，可以做阴道霉菌培养加药物敏感试验，根据结果再给予用药，才能达到彻底治愈的目的。