可以导致凌晨咳嗽剧烈的疾病包括以下几种：
1、哮喘，可以出现剧烈的咳嗽，同时伴有气喘的症状，通过血常规、过敏原、支气管舒张试验、肺功能可明确诊断，确诊为哮喘后可口服孟鲁司特钠，吸入布地奈德福莫特罗，避免接触过敏的物质。
2、心功能不全，可以出现夜间咳嗽，可通过心电图、心钠素、心脏彩超明确诊断，确诊为心功能不全后，要根据病情给予强心、利尿、扩血管的药物治疗，常用的药物包括西地兰、呋塞米、硝普钠、硝酸甘油等。
3、咽炎，可以出现凌晨剧烈咳嗽，如果患者是因为咽炎导致，可含服胖大海含片、金嗓子含片。