新生儿胃食道反流处理的方法，根据引起胃食道反流的不同疾病，处理的方法不一样。如果是贲门食管松弛导致的新生儿胃食道反流，可以采取半卧位及右侧卧位，即减少了胃食道反流，一般这种情况在新生儿生后1-2个月可以痊愈。如果是贲门驰缓导致的新生儿胃食道反流，可以试用阿托品等抗胆碱的药物来进行过渡期的治疗，严重的时候要进行外科手术的干预。
大部分情况下，由于新生儿吞咽功能不协调，胃呈水平位，很容易发生胃食道反流，这种胃食道反流早期采用半卧位或者右侧卧位，大部分预后都比较好，所以在生后3个月的时候基本上都能够痊愈。但是如果不做处理，就容易导致新生儿发生吸入性肺炎，或者是导致新生儿发生窒息以及呼吸暂停。