磁共振与CT二者存在着本质的差异。首先，它们的工作原理不同，磁共振是利用人体内氢原子核在磁共振仪器强大的磁场空间内，产生共振与还原的过程中释放出的能量信息，通过高能电子计算机系统采集这些信号，再经过数字重建，转换成磁共振图像；而CT是利用X线成像。其次，二者的检查侧重范围不一样，磁共振对于软组织、滑膜、血管、神经、肌肉、肌腱、韧带和透明软骨的分辨率高；而CT在观察骨头、肺、出血等方面比较有优势。二者在检查上，在临床上可以做到优势互补。磁共振是没有辐射的，如果长时间做CT对人体还是有一定损害的。