牙肉肿痛较常见的原因是牙结石过多，大多和平时不良的卫生习惯有关，可能是没有坚持每天早晚按时刷牙，也可能是刷牙的时间太短，不能很好的清洁牙齿。
还有可能是晚上刷完牙之后，在睡觉之前又有吃东西的习惯导致有大量食物残渣在口腔内残留，食物残渣、软垢经过一段时间的钙化就会变成比较硬的牙结石，附着于牙齿与牙龈缝隙处，有的牙结石还会长在牙龈以下，牙结石会刺激牙龈引起牙肉肿痛。
如果口腔内有智齿，阻生的智齿由于和牙龈会形成比较深的盲袋，而盲袋内容易有食物残渣堆积，残渣发酵就会滋生细菌而腐蚀牙齿引起智齿肿痛。