幽门螺杆菌治疗需要7-14天，根据患者的依从性、局部耐药性、药物不良反应，为患者选择个性化的治疗方案，抗生素在胃酸的作用下不能达到最佳的疗效，有些抗生素会有刺激胃的副作用。
PPI联合应用可降低胃酸浓度，保护胃粘膜从而保证抗生素的最佳疗效，铋剂不仅具有胃黏膜的抗酸保护作用，而且对幽门螺杆菌有很强的杀灭作用。
可选择的抗生素有克拉霉素、甲硝唑、替硝唑等；可选择的PPI有奥美拉唑、雷贝拉唑等，停药后1个月复查幽门螺杆菌，如果幽门螺杆菌感染如果持续时间过长，可增加胃癌的风险。