慢性间质性肺炎有200多种原因，不同原因引起的间质性肺炎，治疗方案也不一样。有一些疾病有明确原因，比如种蘑菇的农民引起的蘑菇肺，这种情况先要离开这种环境，必要的时候给予激素抗炎治疗。还有结缔组织相关的间质性肺炎，这种情况要用到激素或者是细胞毒性的药物进行抗炎治疗。还有药物相关的间质性肺炎，比如博来霉素相关的间质性肺炎，先要停用能够引起间质性肺炎的药物，必要的时候可以给予激素抗炎治疗。
还有一些没有明确病因，比如特发性间质性肺炎，其中有一种是特发性肺间质纤维化，这种疾病要用尼达尼布、吡非尼酮进行治疗。还有其它不知道原因的间质性肺炎，可以对症治疗，必要的时候根据检查的结果，可以给予激素或者细胞毒性的药物等治疗。