乙肝疫苗的有效成分是乙肝病毒的抗原，即乙肝表面抗原，其实乙肝疫苗就是提纯的乙肝表面抗原，是用于预防乙肝的特殊药物。乙肝表面抗原是乙肝病毒的外壳蛋白，本身不具有传染性，但具有抗原性，接种到人体后可刺激免疫系统产生保护性抗体。这种抗体存在于人的体液中，乙肝病毒一旦出现，抗体会立即将其清除，阻止被感染，并且不会伤害到肝脏，从而使人体具有预防乙肝的免疫力，以达到预防乙肝感染的目的。
接种第一针乙肝疫苗后只有30%的人产生乙肝表面抗体，而且抗体效果很不稳定。接种第二针后有90%的人产生抗体，接种第三针后抗体的阳性率可达96%以上，而且抗体效果持续在较高水平。