大便冲不干净与脾胃虚寒、肠道菌群失衡、肠炎有关，脾胃虚寒不仅会影响到食物中营养物质的吸收，同时会伴随有大便稀溏等症状，主要是因为脾虚不统摄无法将吸收的水谷精微输送到身体各处引起的，需要使用具有健脾益胃的药物进行调节。
肠道出现菌群失衡时，一些有害细菌会过度滋生，这时就会影响到肠道的功能，导致肠道细胞无法更好的吸收食物中的营养物质，排出来的食物残渣水分含量比较多，因为大便稀溏，因此会出现冲不干净的表现。在肠炎发作期间由于肠道黏膜存在炎症，蠕动功能抗性，同时对水分的吸收受到影响，所以排出来的粪便属于稀稠、不成形的，也会出现大便冲不干净的现象。