卵巢囊肿恶性和良性的区分主要有三个方面：
第一、卵巢囊肿增长速度，如果短期内卵巢囊肿的大小变化很大、迅速增长，考虑恶性的可能性大，如果增长速缓慢、变化不大考虑良性居多。
第二、B超影像的变化，恶性卵巢囊肿在B超下囊肿呈现实性、囊性或囊实混合，内部回声不纯净，并有乳头状凸起、边缘不光滑，考虑恶性的可能性大，良性的卵巢囊肿通常为中等大小或偏小，内部回声纯净呈现无回声，边缘光滑。
第三、临床症状的区别，恶性卵巢囊肿多伴有卵巢的癌变，例如卵巢颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤都是低度恶性卵巢肿瘤，能够分泌雌激素的物质，所以会引起阴道不规则出血、子宫内膜不同程度的增厚伴有月经的改变，而良性卵巢囊肿不分泌任何激素，所以不会影响月经周期的变化，也不会出现不规则的阴道流血。