不同的甲状腺炎，治疗方法有所不同。甲状腺炎根据起病的缓急，可以分为急性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎和慢性甲状腺炎。其中急性的甲状腺炎主要包括急性细菌性甲状腺炎、急性病毒性的甲状腺炎和急性真菌性的甲状腺炎，属于感染性的疾病，在治疗上主要是以抗感染治疗为主。
亚急性甲状腺炎的治疗需要根据症状的轻重，通常轻症的患者不需要治疗，如果疼痛不能缓解，可以服用非甾体类的抗炎药物。如果是疼痛症状不能缓解，伴有发热的患者，可以使用泼尼松进行治疗。慢性甲状腺炎如果甲状腺功能正常，通常不需要治疗，如果伴有甲状腺功能减退，可以给予左甲状腺素钠片进行替代治疗。