新型冠状病毒侵入人体之后，主要的靶器官是肺脏，肺脏呈现不同程度的实变，实变区主要呈现弥漫性的肺泡损伤和渗出性的肺泡炎，肺泡腔内可以见到浆液、纤维蛋白性渗出物及透明膜形成。小支气管和细支气管易见黏液栓形成，病程较长的病例可见肺泡渗出物机化和肺间质的纤维化。
患者初期会表现为发热、干咳、乏力等，重症患者多在一周之后出现呼吸困难和低氧血症，部分重症患者可快速的进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒性休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍。新型冠状病毒在复制的过程当中，为了不断适应宿主核苷酸，位点会不断的发生突变，可能会产生一些影响病毒传播力致病性和免疫原性等特性的变异株。