全飞秒手术以后有可能会出现后遗症，但是目前全飞秒手术后遗症非常少见，可能有以下几种情况：
第一、出现过矫或者欠矫，目前全飞秒手术的准确性已经非常高，通过详细的术前检查，可以避免过矫或者欠矫的情况发生。
第二、由于手术中损伤到角膜的神经，术后有可能会出现干眼症的症状，但这种情况会随着角膜的恢复而逐渐改善，一般在1-3个月左右症状会消失，角膜会恢复。如果出现干眼症，可以进行滴眼治疗，若术后出现眩光、单眼复视等症状，也会在三个月左右恢复正常。
第三、若患者术后眼部感染，也有可能导致出现角膜炎影响手术效果，甚至会出现视力下降，若患者术后按时遵照医生嘱托用药，这种情况基本不会发生。