扶他林和云南白药的主要区别，就是药物成分不相同。
扶他林主要是一种西药，主要成分就是双氯芬酸钠，属于一种非甾体类消炎药，可以包括扶他林口服片和扶他林软膏，主要起到消除局部的无菌性炎症，可以缓解疼痛的作用，用于腰腿疼痛、腰部肌肉劳损、关节炎等。云南白药主要是属于一种中成类的制剂，可以起到活血化瘀、消肿止痛的效果，主要用于局部腰肌劳损、关节炎、跌打损伤的情况。