结石导致积水的主要原因是由于结石堵塞了尿液流出的通道，因此在肾盂、输尿管连接部位以下有结石梗阻容易引发肾积水。肾结石如果体积不大，位于肾脏里面不堵塞流出道，通常是不会引起积水的。
但是有的患者结石体积巨大，虽然是肾结石但是占满了整个肾盂或肾盏同时也堵塞了肾盂的通道，也就是被称为肾盂、输尿管连接部的地方，这时候尿液的排出受阻，肾盂内压力增高，就会产生常说的肾积水。
只有解除结石引起的梗阻，肾积水才能好转，长期的肾积水会由轻度发展成重度，导致肾皮质变薄，肾功能出现不可逆的损害。