绝大部分甲状腺手术安全顺利，有个别人会出现术后并发症，对身体产生一定影响。先是呼吸困难，发生于术后48小时以内，常见的原因包括创面出血、喉头水肿、气管塌陷，也可以由于手术造成喉返神经的损伤，出现困难、窒息，甚至需要立即进行气管切开。
由于甲状腺的手术也可以损伤喉上神经，外侧支损伤造成声带的松弛和音调降低，而内质损伤造成误咽、呛咳。甲状腺手术也可以造成假甲状腺的损伤，出现手足搐搦、血钙降低，甲状腺的手术也可以出现甲状腺功能的减退，或者是甲亢手术前如果准备不充分，出现甲亢危象。