甲状腺功能减退症检查的指标主要是静脉血当中的甲状腺功能，以及甲状腺的相关抗体和甲状腺的彩超，而静脉血当中甲状腺的功能主要的检查指标是总的T3、总的T4以及游离的T3，游离的T4以及促甲状腺激素等这五个主要的检查指标，一般甲减的患者会伴有总的T3以及总的T4或者FT3、FT4的降低，伴有促甲状腺激素水平的升高。
如果患者怀疑是桥本式甲状腺炎引起的甲状腺功能减退症，需要完善甲状腺球蛋白抗体以及甲状腺过氧化物酶抗体，如果这两个抗体明显地高于正常值水平则需要完善甲状腺的彩超，如果甲状腺的彩超也报告是甲状腺有桥本式甲状腺炎的改变，患者甲减的情况也需要终身口服药物治疗。