碎石手术本身并没有任何的疼痛感，但是碎石手术以后可以出现轻微疼痛，包括手术伤口疼痛，以及导尿管所造成的尿道内疼痛。
术后体内留置输尿管支架管，则过度活动的过程中，输尿管支架管也可产生轻微的疼痛，而在手术过程中没有任何疼痛。因为碎石手术的过程中，患者一般采用全身麻醉，属于完全处在睡眠的状态，并非处在苏醒的状态。
因此，手术过程中患者没有任何的知觉及疼痛，手术清醒以后患者会觉得存在尿道轻度疼痛，由于导尿管刺激所致。
如果是经皮肾镜钬激光碎石，在腰部会存在肾造瘘管，这时活动时可以造成腰部伤口局部轻微的疼痛感。
如果是输尿管镜下的微创手术治疗，则没有腰部造瘘管，所以也不会产生腰痛症状，但是体内会存在输尿管支架管，一般不会引起任何疼痛的感觉，但在剧烈活动、剧烈运动或者憋尿的状态下，可以产生轻微的疼痛感。